Ces déchets sont différents des réticulations extracellulaires aberrantes — il s'agit d'agrégats de matériaux qui n'ont aucune fonction (pas même de fonction biophysique)(des déchets dés le départ donc), et qui auraient dû être détruits; mais voilà, ils sont résistants aux méthodes de destruction disponibles normalement. Deux d'entre eux illustrent principalement ce genre de déchets. L'un d'entre eux est le coeur lipidique acellulaire des plaques d'athéromes matures, bien qu'en fait il soit hors-jeu, parce que les macrophages le grignotent constamment, et le seul problème est qu'ils n'arrivent pas à le désagréger après l'avoir absorbé, et finissent par mourir et aggraver le problème à leur tour. Donc ce problème n'en serait plus un si l'on pouvais améliorer la machinerie de dégradation intracellulaire, comme il est expliqué ici. L'autre cas problématique de déchets extracellulaires, c'est la substance amyloïde. Cette substance forme de gros globules dans le cerveau des personnes qui ont la maladie d'Alzheimer, globules que l'on désigne par le terme de plaque; ce processus se produit aussi (à un rythme moins élevé) chez les personnes saines. Pour le moment, nous ne savons pas encore vraiment si ces plaques sont responsables des pertes de fonctions cognitives chez les personnes souffrant de la maladie d'Alzheimer, mais on est au moins quasi sûr qu'elles ne nous font aucun bien non plus (certains chercheurs pensent tout de même que ces protéines prises individuellement ont quelques effets bénéfiques, avant qu'elles ne s'agrègent en plaques), donc pour ne prendre aucun risque, nous devrions essayer de nous débarrasser de ces plaques. Ceci s'applique aussi à toute une variété d'agrégats semblables qui se forment dans d'autres tissus au cours du vieillissement ou lors de maladies liées à l'âge, desquelles la mieux connue est l'îlot amyloïde du diabète de type 2.

Une stratégie permettant de reporter indéfiniment l'accumulation de ce genre de matériaux est en cours de recherche chez Elan Pharmaceuticals: une vaccination destinée à stimuler le système immunitaire (plus spécifiquement les cellules microgliales du cerveau) pour qu'il absorbe ces matériaux. Une fois internalisé, le déchet peut toujours se révéler résistant à la dégradation, mais dans ce cas on peut toujours utiliser l'approche nécessaire à la destruction d'agrégats intracellulaires, approche décrite ici. Les premiers essais du vaccin d'Elan ont dû être arrêtés prématurément à cause d'effets secondaires, mais les laboratoires travaillent actuellement sur un meilleur vaccin.

Une autre stratégie serait encore de dissoudre les plaques à l'aide de petites molécules. Il semble en effet que la surface des plaques puisse être rompue via l'utilisation de petits peptides qui vont s'enfoncer dedans, ce qui va rendre l'agrégat moins stable, et qui fait que des protéines entières peuvent se détacher de sa surface. On appelle ces petits peptides des décomposeurs beta.

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Nitsch