Внеклеточные шлаки отличаются от внеклеточных перекрестных связей - они означают скопление материала, не выполняющего какой-либо функции (даже биофизической), и в идеале должны были бы уничтожаться, если бы не их огромная сопротивляемость к деструкции. Существует два основных примера таких шлаков. Один из них - это бесклеточные липидные ядра сформировавшихся атеросклерозных бляшек. В принципе, это не имеет большого значения, потому что макрофаги постоянно атакуют их, поедая частички ядра бляшки; единственная проблема заключается в том, что макрофаги не могут расщепить поглощенный материал, в результате чего в конце концов погибают и сами становятся частью проблемы. Так что проблема была бы полностью решена, если бы мы могли усилить деструктурирующий аппарат внутри клетки, что объясняется здесь. Вторая серьезная проблема, связанная с внеклеточными шлаками, называется амилоид. Амилоидный белок образует в мозгу страдающих болезнью Альцгеймера скопления, называемые бляшками, причем тот же процесс (но только более медленный) протекает в мозгу каждого человека. Пока еще мы не уверены в том, что именно амилоид ведет к потере когнитивных функций, но мы знаем совершенно определенно, что бляшки не делают ничего хорошего (хотя некоторые исследователи полагают, что молекулы протеина все-таки приносят пользу, прежде чем образуют скопления и превращаются в бляшки), поэтому на всякий случай от них следует избавиться. То же относится к различным схожим скоплениям в других тканях при старении или развитии заболеваний, связанных с возрастом, самое известное из которых - островковые амилоидные бляшки при диабете 2 типа.

Стратегия бесконечного предупреждения аккумуляции подобного материала предложена Elan Pharmaceuticals: это вакцинация, стимулирующая иммунную систему (в особенности, микроглию) на поглощение шлаков. После поглощения они все еще могут плохо поддаваться расщеплению, и тогда необходимая деструкция может осуществляться с помощью метода, применимого к естественным внутриклеточным скоплениям и описанного здесь. Начальные клинические испытания вакцины Elan пришлось прекратить из-за побочных явлений; в настоящее время продолжается работа по усовершенствовании вакцины.

Другая стратегия состоит в использовании небольших молекул для разрушения бляшек. Складывается впечатление, что поверхность бляшек может разрушаться с помощью небольших пептидов, проникающих в бляшку и подрывающих ее структурную целостность, что позволяет целым белковым молекулам отрываться и покидать ее поверхность. Эти небольшие пептиды называются разрушители бета-слоев.